A sorozat főhőse Udzumaki Naruto, egy fiatal fiú, akinek testében a rettegett Kilencfarkú rókadémon raboskodik. Tizenkét évvel a történet kezdete előtt a róka megtámadta Konohagakure nindzsák lakta faluját és számos életet kioltott. A falu vezetője, a negyedik hokage saját életét feláldozva állította meg a bestiát, amit az újszülött Naruto testébe zárt. A fiút emiatt a falusiak kiközösítették, mintha csak ő maga lenne a démonróka. A harmadik hokage ugyan megtiltotta, hogy bárki is beszéljen a róka támadásáról, de Naruto hamarosan ennek ellenére is tudomást szerez a történtekről. Évekkel később, miután Naruto sikeresen elvégezi a Nindzsa Akadémiát különleges Árnyékklón technikáját alkalmazva, amit egy tiltott tekercsről sajátított el. A tekercset Naruto kénytelen volt ellopni, hogy megmentse tanárát, Umino Irukát a renegát nindzsától, Mizukitól. A kaland során Naruto két dologra ébredt rá: az egyik, hogy a rókadémon benne lakozik; a másik pedig, hogy a hokagén kívül más is törődött vele.

A történet Naruto és barátai fejlődését követi nyomon, ahogyan nindzsa tudásukat fejlesztik, egymással való kapcsolatuk alakulását és azt, hogy múltjuk hogyan befolyásolja sorsukat és személyiségük fejlődését. Naruto két fiatal nindzsában, Ucsiha Szaszukében és Haruno Szakurában talál barátra és társra, mikor egy háromfős nindzsa csapatba kerül Hatake Kakasi felügyelete alá. Kalandjaik során megismerik a környező falvakat és azok harcosait is. Egyre szorosabb szálak fűzik őket egymáshoz, képességekre és technikákra is szert tesznek és szembesülnek a kamaszkor nehézségeivel és kihívásaival is, miközben Naruto az álmát követve azért küzd, hogy egyszer Konoha hokagéja váljék belőle. A sorozat cselekményének központjában először Naruto, Szaszuke és Szakura, a 7-es Csapat tagjai állnak, majd később Orocsimaru, Konoha egyik leghalálosabb ellenfele is egyre jelentősebb szerephez jut, miután megtámadja a falut és megöli annak vezetőjét. A harmadik hokage halála miatt Dzsiraija, a három legendás nindzsa egyike arra kényszerül, hogy felkutassa egykori csapattársát, Cunadét, hogy az betölthesse a megüresedett pozíciót. Útja során felfedezi, hogy Orocsimaru Ucsiha Szaszukéra is ki akarja vetni hálóját annak különleges genetikai öröksége miatt. Szaszuke, aki úgy hiszi Orocsimaru meg tudja számára adni azt az erőt, amire szüksége van hogy végezzen bátyjával, Ucsiha Itacsival, akit egyszemélyben tart felelősnek klánja lemészárlásáért, átpártol a falu esküdt ellenségéhez. Naruto azonban még ezután sem hajlandó lemondani barátjáról és két és fél éven át tartó edzésbe kezd, hogy felkészüljön következő találkozásukra.

Hamarosan feltűnik egy titokzatos bűnszervezet is, mely magát Akacukinak nevezi, és az a célja, hogy összegyűjtse mind a kilenc hatalmas erővel bíró farkas bestiát, köztük a Naruto testébe zárt Kilencfarkú rókadémont is. Konoha több nindzsája, köztük a 7-es Csapat is felveszi a harcot a szervezettel, és kísérletet tesznek Szaszuke felkutatására is. Szaszuke eközben elpártol Orocsimarutól és szembeszáll Itacsival. Bár összecsapásuk közben Itacsi életét veszti, Szaszuke bosszúja mégsem teljesül be, mivel az Akacuki egyik tagjától, Ucsiha Madarától megtudja, hogy bátyját Konoha vezetése utasította a klán kiirtására. A felismerés fájdalmától és haragtól vezérelve Szaszuke összefog az Akacukival, hogy elpusztítsa Konohagakurét. Mindeközben az Akacuki több tagja is elesik a Konoha nindzsáival vívott harcok során. A szervezet vezetője, Pain támadást szervez a falu ellen azzal a céllal, hogy elrabolja Narutót.

www.wikipedia.hu